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基因组学技术服务/Genomics 
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基因组学技术服务/Genomics

基因组学实验室作为我们公司早期成立的实验室,承担着诸多课题的上游实验技术服务,多年来仅real-time pcrRT-PCR实验涉及的引物设计与合成多达5000余对。基因组学实验室业务涵盖核酸提取,普通PCR检测,载体构建、RT-PCR、荧光定量PCRDNA甲基化分析、质粒提取及纯化、SNP分型、siRNA/shRNA沉默、microRNA检测、荧光素酶检测、ChIP、基因芯片、慢病毒包装等。

基因组学相关分析

  1) 序列拼接,BAC及中小基因组组装;

  2) 序列比对,同源性搜索;

  3) 多序列全局比对,同源进化树构建;

  4) EST的基因组定位,可变剪切形式确定;

  5) Promoters预测与查找,CpG岛,调控元件等;

  6) 重复序列注释:SSR,STR,LINE,SINE,Transposons等;

  7) 基因预测及基因结构分析:真核,原核,mRNA/cDNA编码区预测;

  8) Non-Coding RNA的预测与注释:

  tRNA预测及二级结构分析、rRNA预测

  MiRNA预测及结合靶点预测

  soRNA预测及甲基化位点预测

  9) 分子进化相关分析:分歧年代、进化树、进化压力(Ka,Ks);

  10) EST序列/一般序列分析

  序列基本分析:去除载体,污染,聚类,拼接

  表达谱分析:特异表达基因,共调控基因

   Unigene的功能注释及分类

  基于EST的SNP分析

  11) 基因的功能注释及分类

  NCBI非冗余核酸库(NT)

  NCBI非冗余蛋白库(NR)

  SwissProt蛋白数据库

  Kegg Pathway数据库

  COG/KOG蛋白家族数据库

  Interpro&GO蛋白功能位点

  结构域(domain)数据库


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